W Muzeum Więzienia Pawiak odbywają się imprezy cykliczne i okolicznościowe. Niewątpliwie jednym z najważniejszych wydarzeń w historii Muzeum była wizyta papieża Jana Pawła II w czerwcu 1983 r., z której zachowała się dokumentacja fotograficzna. Wówczas Papież modlił się za ofiary Pawiaka pod drzewem – symbolem, wtedy jeszcze żywym.

Oprócz Dni Pawiaka Muzeum organizuje również uroczystości okolicznościowe upamiętniające ważne wydarzenia historyczne. W 2009 roku razem ze Związkiem Byłych Więźniów Politycznych Hitlerowskich Więzień i Obozów Koncentracyjnych zorganizowaliśmy obchody z okazji 70. rocznicy wybuchu II wojny światowej z asystą wojskową i okolicznościowymi przemówieniami.