Muzeum Więzienia Pawiak w swoich zbiorach posiada bogatą kolekcję korespondencji więźniów politycznych Pawiaka z więzienia oraz obozów koncentracyjnych, do których byli wywożeni więźniowie. Są to przede wszystkim grypsy – nielegalne listy, karty pocztowe oraz kartki do rodzin wyrzucane przez więźniów w czasie wywożenia na przesłuchania w al. Szucha, przewożenia do innych więzień lub transportów do obozów koncentracyjnych. Posiadamy również liczne obwieszczenia i propagandowe plakaty wydawane przez okupanta niemieckiego.
Ważną grupę muzealiów stanowią dokumenty i pamiątki osobiste oraz przedmioty wykonane potajemnie w celach Pawiaka przez więźniów, aby chociaż przez chwilę zapomnieć o swojej sytuacji. Szczególną rolę pełnią też ocalałe fragmenty wyposażenia więzienia: kraty, drzwi do celi, kotły, miski, podwieszane łóżka oraz łóżeczko dziecięce z Serbii.
Muzeum posiada zbiór pisemnych relacji i fotografii więźniów. Od 2008 r. tworzymy dokumentację indywidualnych losów poprzez nagrania kamerą cyfrową relacji z więźniami oraz bliskimi ofiar.
