Zorganizowana w zrekonstruowanych wnętrzach więziennych ukazuje na tle dziejów obiektu historię zmagań Polaków o wyzwolenie narodowe i przemiany społeczne w epoce zaborów poprzez przedstawienie sylwetek więzionych tu osób oraz wydarzeń i organizacji, w których działali, poczynając od spisków niepodległościowych z lat 1830-tych aż do odzyskania niepodległości w 1918 r. Składają się na nią akta carskich władz represyjnych: dokumenty więzienne, śledcze i sądowe, prasa i druki ulotne poszczególnych organizacji, fotografie czołowych więźniów, pozostałe po nich pamiątki osobiste, realia i dzieła sztuki oraz cele imienne wielu więzionych tu wybitnych Polaków. X Pawilon jako miejsce, w którym rozstrzygały się losy wielu późniejszych katorżników i zesłańców, eksponuje również martyrologię Polaków na Syberii w epoce zaborów, ukazaną m.in. w kolekcji prac malarza – sybiraka Aleksandra Sochaczewskiego, także więźnia X Pawilonu.
Z ww. ekspozycją związane jest również otoczenie X Pawilonu – dawny dziedziniec więzienny będący miejscem spacerów aresztantów, droga straceń i Brama Straceń, przez którą wyprowadzano skazańców na miejsce egzekucji, oraz dwa upamiętnione miejsca kaźni: na stokach nad Wisłą miejsce egzekucji działaczy polskiego ruchu robotniczego, zwłaszcza uczestników rewolucji 1905-1907 r. wraz z symbolicznym cmentarzem straconych, oraz leżące na południe od Cytadeli miejsce egzekucji powstańców styczniowych, m.in. członków Rządu Narodowego z R. Trauguttem na czele.